かつて、この世界には「光の巨人」と呼ばれる存在がいた。光の巨人は1人の地球人と同化し、異星人の侵略や「怪獣」と呼ばれる巨大生物による幾多の破壊と混沌から世界を守っていた。やがて光の巨人はその役目を終え、遠い宇宙にある自らの故郷へと帰還し、同化していた地球人はそれまでの記憶を失った。

40年後、ウルトラマンの存在が過去のものとなった世界でウルトラマンと同化した過去を持つ早田進（ハヤタ・シン）の息子・早田進次郎（ハヤタ シンジロウ）は、生まれながらに特殊な力を持っていた。ある日突然、謎の敵に襲われた進次郎を助けに現れた父・早田は「自分こそがウルトラマンだった」と告白。父の危機を前に、元科特隊の井手からウルトラマンスーツを与えられた進次郎は敵との戦いに挑む。